会计系是会计学院最早设置的专业系部，始建于1993年，为广州金融高等专科学校会计学专业，培养专科层次的会计学人才。2004年学校升级本科，原会计系招收首批会计学专业本科生（含2016级专升本），2017年5月广东金融学院启动二级管理，原会计系转为会计学院，原会计学专业（含金融会计），转为会计系。现下设“财务会计”和“金融会计”两个教研室，负担会计学院各专业的相关课程教学任务，并承担全校“会计学原理”和“中级财务会计”，以及其他学院培养计划中要求会计学院承担的财会类课程。其中《银行会计》、《会计学原理》、《计算机会计信息系统》为省级精品课。

会计系现有专职教师27人，职称结构为：教授10人，副教授7人，讲师10人；学历结构为：博士及在读博士11人，硕士16人。现有师资的职称及学历构成，对于会计系目前承担的教学与科研工作有很强的支撑。

科研方面，目前会计系已经初步凝练了有效的研究方向和团队，在公司治理、证券市场会计信息有效性等方面屡有突破，目前会计系教师主持国家级课题一项，主持省部课题10余项，主持广州市课题多项。