审计系发源于广州金融高等专科学校会计系审计教研室，始建于1993年。2004年5月学校晋升本科，2005年9月会计学（审计方向）开始招生。2012年3月，审计学专业经教育部批准设立，并于同年9月开始招收本科生。2016年5月，审计学专业通过广东省教育厅新增本科院校学士学位授予权评估。2017年5月，广东金融学院启动二级管理，原会计系转为会计学院，并按审计学专业设立审计系。审计系主要承担审计专业的专业课程教学和会计学院其他专业审计相关课程教学任务，以及重点突破审计相关学术研究。

审计系现有专职教师9人，职称结构为教授2人、副教授3人、讲师4人，其中博士3人，在读博士2人，硕士2人。审计系专职教师多为“双师型”教师，有6人通过CPA考试并成为中国注册会计师协会非执业会员，有国际内部审计师1人、注册税务师1人、高级会计师2人，多数教师具有会计师事务所或企事业单位审计工作经历。现有师资结构为审计系承担目前教学与科研工作提供了很好的支撑。

审计系围绕政府审计、内部控制与内部审计、注册会计师审计等研究方向凝练了有效的研究团队。近年来，审计系教师在各类核心专业期刊发表学术论文60余篇，出版专著及教材4部，主持国家级课题1项，主持省部级课题5项，主持广州市课题多项。